在《燃烧的蔬菜》第二季之《家园保卫战》中，海岛上的蔬菜，依然边过着和同伴生活、嬉戏的日子，边提防着变异动物的入侵。不同的是，第二季中，变异动物部落对蔬菜家园的入侵开始变本加厉，而邪恶的基因博士的神秘真面目，也逐渐浮现冰山一角。因此，面临着更加严峻形势，蔬菜们也各自使出看家本领，势要保卫家园。

在一个漂亮的海岛上，生活着一个族群，健康可爱的蔬菜伙伴们。 神秘而邪恶的基因博士在入侵了世上大部分地区后，将目标瞄准了蔬菜家园。于是，他派遣了一个变异动物部落去对付蔬菜伙伴们。 蔬菜伙伴们和变异动物们互相敌视，变异动物们总想破坏并入侵蔬菜家园。 就这样，生存在岛上的蔬菜们使用自己神奇的技能，一边过着日常的搞笑小日子，一边反抗着动物们的入侵和破坏，保卫自己的家园。